در قسمت سوم ، حیوانات همچنان در تلاش هستند تا به باغ وحش نیویورک برگردند. اما آنها در راه برگشت در حالی که از اروپا می گذرند ، برای اینکه کمتر جلب توجه کنند ،‌ به یک سیرک سیار می پیوندند و…

تیم های جاسوسی فوق العاده ای به دنیا می آیند . بزرگترین و خنده دار ترین پرندگان جاسوس جهانی یعنی کاپیتان، کوالسکی، ریکو را در این انیمیشن مشاهده کنید …

در حالی که فراریان باغ‌وحش سنترال پارک در جزیره ماداگاسکار گیر افتاده‌اند، بابانوئل به طور ناگهانی در قلمرو آن‌ها سقوط می‌کند و دچار فراموشی می‌شود. حیوانات باید به بابانوئل کمک کنند تا جایگاه واقعی خود را در جهان بازیابد، در حالی که شاه جولین از این فرصت برای جلب توجه رعایای خود سوءاستفاده می‌کند.

الکس، مارتی و دیگر حیوانات باغ‌وحش وقتی پنگوئن‌ها یک هواپیمای سقوط‌کرده را بازسازی می‌کنند، راهی برای فرار از ماداگاسکار پیدا می‌کنند. این هواپیمای متزلزل و تعمیرشده فقط تا اندازه‌ای در هوا دوام می‌آورد که آن‌ها را به قاره آفریقا برساند. در آنجا، این حیوانات نیویورکی برای اولین بار با هم‌نوعان خود روبه‌رو می‌شوند. آفریقا به عنوان یک مکان وحشی شناخته می‌شود، اما الکس و دوستانش در این فکر فرو می‌روند که آیا این مکان از خانه‌شان در سنترال پارک بهتر است یا خیر.

چهار دوست حیوان وقتی از اسارت در باغ‌وحش سنترال پارک فرار می‌کنند و به ساحل جزیره ماداگاسکار می‌رسند، طعم زندگی در حیات وحش را می‌چشند.